Geleneksel kanal tedavisi veya retreatment (tekrar tedavi) işlemlerine rağmen, kök ucundaki enfeksiyon ve lezyon bir türlü iyileşmiyorsa, hasta her bastığında ağrı çekmeye devam ediyorsa “Apikal Rezeksiyon” (kök ucu rezeksiyonu) operasyonu son çaredir. Ayrıca kök kanalının içinde kırılamayan veya çıkarılamayan bir eğe kalmışsa ve bu eğenin arkasındaki enfekte alan temizlenemiyorsa bu cerrahiye başvurulur. Operasyonda, diş etinde küçük bir pencere açılarak doğrudan çene kemiğinin içindeki iltihaplı bölgeye ulaşılır. Diş kökünün uçtaki mikro yan kanalları barındıran son 3 mm’lik kısmı kesilerek dışarı çıkarılır (rezeke edilir). Kökün kesilen ucuna ultrasonik uçlarla geriye doğru küçük bir yuva açılır ve burası MTA gibi sızdırmaz bir malzeme ile doldurularak (retrograd dolum) enfeksiyon odağı tamamen kurutulur.
