Fokal enfeksiyon teorisi, ağız içindeki kronik, lokalize bir enfeksiyon odağındaki (örneğin kök ucunda kist olan, tam temizlenememiş kanal tedavili bir dişteki) bakterilerin ve onların salgıladığı endotoksinlerin, kan ve lenf yoluyla tüm vücuda yayılarak uzaktaki organlarda kronik hastalıkları tetiklemesi durumudur. Holistik tıp, özellikle sızdıran kanal tedavili dişlerin içindeki anaerobik bakterilerin (thioether ve mercaptan gibi) çok ölümcül nörotoksinler ürettiğini savunur. Bu toksinler; romatoid artrit gibi otoimmün hastalıkları, kalp kası iltihaplarını (endokardit), kronik böbrek yetmezliklerini ve fibromiyalji gibi geçmeyen kas ağrılarını besleyebilir. Holistik diş hekimliğinde, eğer bir kanal tedavisi radyolojik ve bağışıklık testlerinde vücuda yük oluşturuyor olarak saptanırsa, o dişin çekilmesi ve odağın tamamen temizlenmesi klinik bir gereklilik olarak görülebilir.
